O 1° piso corresponde à cave, onde se encontra actualmente a Cafetaria do museu, espaço internet e os sanitários. Anteriormente, era aqui o local da cozinha e respectivas arrecadações. Era também neste piso que estavam os quartos dos criados (masculinos).
O 2° piso corresponde ao rés-do-chão do edifício. Com o restauro ensaiou-se uma reconstituição próxima do ambiente interior de uma grande residência da passagem do século, através do mobiliário e das peças decorativas instaladas nos dois salões, na sala de jantar e no Jardim de Inverno. De acordo com o espírito da época, cada sala apresenta um estilo diferente das restantes, surgindo elementos medievais, de estilo holandês, de estilo Luís XVI e até aspectos de Arte Nova. Esta evocação da habitação primeira, confere ao museu uma dimensão que vagamente se aproxima da das casas-museu, mas que prefere a vertente de História Social e de costumes.
Fogão de sala do Salão Luís XVI [esquerda] e Vitral da Sala de Jantar [direita]
Por sua vez, o 3° piso corresponde aos quartos: antigos espaços da intimidade, agora transformados em salas de exposição.
O 4°, e último piso, corresponde ao sótão e à projecção do telhado. Actualmente, é neste piso que se encontram os serviços técnicos e administrativo do Museu da Quinta de Santiago. Neste andar localizavam-se os quartos das serviçais, bem como alguns arrumos.
Pormenor do teto da sala do Piano [esquerda] e Mobiliário do Salão Luís XVI [direita]